Human genome hg19 variant calling with bcftools

1

I am trying to convert my sorted .bam file to .bcf, using the following command:
samtools mpileup -f hg19.fa sequence1.sorted.bam > X.bcf

But the result was:

1 samples in 1 input files

chr15   5062469 N   0   *   *
chr15   5062470 N   0   *   *
chr15   5062471 N   0   *   *
chr15   5062472 N   0   *   *
chr15   5062473 N   0   *   *
chr15   5062474 N   0   *   *
chr15   5062475 N   0   *   *
chr15   5062476 N   0   *   *
chr15   5062477 N   0   *   *

as a .bcf file.

I ran the following command:
samtools view -H sequence1.sorted.bam
to view .bam listings, and later:
grep ">" hg19.fa
to view reference genome data.
The following, respectively, shows the output.

@HD     VN:1.6  SO:coordinate
@SQ     SN:chr1 LN:249250621
@SQ     SN:chr10        LN:135534747
@SQ     SN:chr11        LN:135006516
@SQ     SN:chr12        LN:133851895
@SQ     SN:chr13        LN:115169878
@SQ     SN:chr14        LN:107349540
@SQ     SN:chr15        LN:102531392
@SQ     SN:chr16        LN:90354753
@SQ     SN:chr17        LN:81195210
@SQ     SN:chr17_ctg5_hap1      LN:1680828
@SQ     SN:chr18        LN:78077248
@SQ     SN:chr19        LN:59128983
@SQ     SN:chr2 LN:243199373
@SQ     SN:chr20        LN:63025520
@SQ     SN:chr21        LN:48129895
@SQ     SN:chr22        LN:51304566
@SQ     SN:chr3 LN:198022430
@SQ     SN:chr4 LN:191154276
@SQ     SN:chr4_ctg9_hap1       LN:590426
@SQ     SN:chr5 LN:180915260
@SQ     SN:chr6 LN:171115067
@SQ     SN:chr6_apd_hap1        LN:4622290
@SQ     SN:chr6_cox_hap2        LN:4795371
@SQ     SN:chr6_dbb_hap3        LN:4610396
@SQ     SN:chr6_mann_hap4       LN:4683263
@SQ     SN:chr6_mcf_hap5        LN:4833398
@SQ     SN:chr6_qbl_hap6        LN:4611984
@SQ     SN:chr6_ssto_hap7       LN:4928567
@SQ     SN:chr7 LN:159138663
@SQ     SN:chr8 LN:146364022
@SQ     SN:chr9 LN:141213431
@SQ     SN:chrM LN:16571
@SQ     SN:chrUn_gl000211       LN:166566
@SQ     SN:chrUn_gl000212       LN:186858
@SQ     SN:chrUn_gl000213       LN:164239
@SQ     SN:chrUn_gl000214       LN:137718
@SQ     SN:chrUn_gl000215       LN:172545
@SQ     SN:chrUn_gl000216       LN:172294
@SQ     SN:chrUn_gl000217       LN:172149
@SQ     SN:chrUn_gl000218       LN:161147
@SQ     SN:chrUn_gl000219       LN:179198
@SQ     SN:chrUn_gl000220       LN:161802
@SQ     SN:chrUn_gl000221       LN:155397
@SQ     SN:chrUn_gl000222       LN:186861
@SQ     SN:chrUn_gl000223       LN:180455
@SQ     SN:chrUn_gl000224       LN:179693
@SQ     SN:chrUn_gl000225       LN:211173
@SQ     SN:chrUn_gl000226       LN:15008
@SQ     SN:chrUn_gl000227       LN:128374
@SQ     SN:chrUn_gl000228       LN:129120
@SQ     SN:chrUn_gl000229       LN:19913
@SQ     SN:chrUn_gl000230       LN:43691
@SQ     SN:chrUn_gl000231       LN:27386
@SQ     SN:chrUn_gl000232       LN:40652
@SQ     SN:chrUn_gl000233       LN:45941
@SQ     SN:chrUn_gl000234       LN:40531
@SQ     SN:chrUn_gl000235       LN:34474
@SQ     SN:chrUn_gl000236       LN:41934
@SQ     SN:chrUn_gl000237       LN:45867
@SQ     SN:chrUn_gl000238       LN:39939
@SQ     SN:chrUn_gl000239       LN:33824
@SQ     SN:chrUn_gl000240       LN:41933
@SQ     SN:chrUn_gl000241       LN:42152
@SQ     SN:chrUn_gl000242       LN:43523
@SQ     SN:chrUn_gl000243       LN:43341
@SQ     SN:chrUn_gl000244       LN:39929
@SQ     SN:chrUn_gl000245       LN:36651
@SQ     SN:chrUn_gl000246       LN:38154
@SQ     SN:chrUn_gl000247       LN:36422
@SQ     SN:chrUn_gl000248       LN:39786
@SQ     SN:chrUn_gl000249       LN:38502
@SQ     SN:chrX LN:155270560
@SQ     SN:chrY LN:59373566
@PG     ID:bwa  PN:bwa  VN:0.7.17-r1188 CL:bwa samse hg19bwaidx sequence1.bwa SRR9598696.fastq
@PG     ID:samtools     PN:samtools     PP:bwa  VN:1.12 CL:samtools view -bS sequence1_se.sam
@PG     ID:samtools.1   PN:samtools     PP:samtools     VN:1.12 CL:samtools sort -O bam -o sequence1.sorted.bam -T temp sequence1.bam
@PG     ID:samtools.2   PN:samtools     PP:samtools.1   VN:1.12 CL:samtools view -H sequence1.sorted.bam

AND

>chr1
>chr10
>chr11
>chr12
>chr13
>chr14
>chr15
>chr16
>chr17
>chr17_ctg5_hap1
>chr18
>chr19
>chr2
>chr20
>chr21
>chr22
>chr3
>chr4
>chr4_ctg9_hap1
>chr5
>chr6
>chr6_apd_hap1
>chr6_cox_hap2
>chr6_dbb_hap3
>chr6_mann_hap4
>chr6_mcf_hap5
>chr6_qbl_hap6
>chr6_ssto_hap7
>chr7
>chr8
>chr9
>chrM
>chrUn_gl000211
>chrUn_gl000212
>chrUn_gl000213
>chrUn_gl000214
>chrUn_gl000215
>chrUn_gl000216
>chrUn_gl000217
>chrUn_gl000218
>chrUn_gl000219
>chrUn_gl000220
>chrUn_gl000221
>chrUn_gl000222
>chrUn_gl000223
>chrUn_gl000224
>chrUn_gl000225
>chrUn_gl000226
>chrUn_gl000227
>chrUn_gl000228
>chrUn_gl000229
>chrUn_gl000230
>chrUn_gl000231
>chrUn_gl000232
>chrUn_gl000233
>chrUn_gl000234
>chrUn_gl000235
>chrUn_gl000236
>chrUn_gl000237
>chrUn_gl000238
>chrUn_gl000239
>chrUn_gl000240
>chrUn_gl000241
>chrUn_gl000242
>chrUn_gl000243
>chrUn_gl000244
>chrUn_gl000245
>chrUn_gl000246
>chrUn_gl000247
>chrUn_gl000248
>chrUn_gl000249
>chrX
>chrY

So, why does it fail to generate the .bcf file?


variant


calling


bcftools


samtools

• 188 views



Source link