Exception in thread "main" htsjdk.samtools.SAMFormatException: Error parsing SAM header. @RG line missing SM tag.

1

Hello, everyone. Currently I am trying to perform variant calling. Prior to that I should run picard and I'm getting using this command:

 java -jar picard.jar AddOrReplaceReadGroups I=illumina.new.bam O=illumina.sorted.rgs.bam RGID=1M RGLB=lib1M RGSM=1M RGPL=illumina RGPU=unit1

The following error occurs:

Exception in thread "main" htsjdk.samtools.SAMFormatException: Error parsing SAM header. @RG line missing SM tag. Line:                   
@RG ID:LANE1; File /home/flexogore/ngs/illumina.sorted.bam; Line number 86
at htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec.reportErrorParsingLine(SAMTextHeaderCodec.java:258)
at htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec.access$200(SAMTextHeaderCodec.java:46)
at htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec$ParsedHeaderLine.requireTag(SAMTextHeaderCodec.java:358)
at htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec.parseRGLine(SAMTextHeaderCodec.java:168)
at htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec.decode(SAMTextHeaderCodec.java:110)
at htsjdk.samtools.BAMFileReader.readHeader(BAMFileReader.java:704)
at htsjdk.samtools.BAMFileReader.<init>(BAMFileReader.java:298)
at htsjdk.samtools.BAMFileReader.<init>(BAMFileReader.java:176)
at htsjdk.samtools.SamReaderFactory$SamReaderFactoryImpl.open(SamReaderFactory.java:406)
at picard.sam.AddOrReplaceReadGroups.doWork(AddOrReplaceReadGroups.java:152)
at picard.cmdline.CommandLineProgram.instanceMain(CommandLineProgram.java:308)
at picard.cmdline.PicardCommandLine.instanceMain(PicardCommandLine.java:103)
at picard.cmdline.PicardCommandLine.main(PicardCommandLine.java:113)

Looking into the header of my BAM file I see 4 empty @RG lines

@HD VN:1.6  SO:coordinate
@SQ SN:1    LN:249250621    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:2    LN:243199373    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:3    LN:198022430    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:4    LN:191154276    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:5    LN:180915260    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:6    LN:171115067    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:7    LN:159138663    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:8    LN:146364022    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:9    LN:141213431    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:10   LN:135534747    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:11   LN:135006516    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:12   LN:133851895    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:13   LN:115169878    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:14   LN:107349540    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:15   LN:102531392    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:16   LN:90354753 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:17   LN:81195210 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:18   LN:78077248 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:19   LN:59128983 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:20   LN:63025520 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:21   LN:48129895 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:22   LN:51304566 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:X    LN:155270560    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:Y    LN:59373566 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:MT   LN:16569    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000207.1   LN:4262 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000226.1   LN:15008    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000229.1   LN:19913    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000231.1   LN:27386    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000210.1   LN:27682    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000239.1   LN:33824    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000235.1   LN:34474    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000201.1   LN:36148    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000247.1   LN:36422    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000245.1   LN:36651    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000197.1   LN:37175    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000203.1   LN:37498    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000246.1   LN:38154    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000249.1   LN:38502    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000196.1   LN:38914    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000248.1   LN:39786    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000244.1   LN:39929    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000238.1   LN:39939    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000202.1   LN:40103    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000234.1   LN:40531    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000232.1   LN:40652    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000206.1   LN:41001    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000240.1   LN:41933    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000236.1   LN:41934    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000241.1   LN:42152    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000243.1   LN:43341    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000242.1   LN:43523    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000230.1   LN:43691    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000237.1   LN:45867    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000233.1   LN:45941    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000204.1   LN:81310    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000198.1   LN:90085    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000208.1   LN:92689    AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000191.1   LN:106433   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000227.1   LN:128374   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000228.1   LN:129120   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000214.1   LN:137718   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000221.1   LN:155397   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000209.1   LN:159169   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000218.1   LN:161147   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000220.1   LN:161802   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000213.1   LN:164239   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000211.1   LN:166566   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000199.1   LN:169874   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000217.1   LN:172149   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000216.1   LN:172294   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000215.1   LN:172545   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000205.1   LN:174588   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000219.1   LN:179198   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000224.1   LN:179693   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000223.1   LN:180455   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000195.1   LN:182896   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000212.1   LN:186858   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000222.1   LN:186861   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000200.1   LN:187035   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000193.1   LN:189789   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000194.1   LN:191469   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000225.1   LN:211173   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000192.1   LN:547496   AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@RG ID:LANE1
@RG ID:LANE2
@RG ID:LANE3
@RG ID:LANE4
@PG ID:samtools PN:samtools VN:1.10 CL:samtools sort -o illumina.sorted.bam illumina.bam
@PG ID:samtools.1   PN:samtools PP:samtools VN:1.10 CL:samtools view -H illumina.sorted.bam

What should I do to solve this problem?


picard


VCF


BAM

• 41 views



Source link